Hegyhátszentjakab keletkezéséről pontos adatok nincsenek, de régi idők óta lakott terület volt. A római uralom idejéből számos környéken talált sírhely és emlék maradt fönn. A honfoglalás idején még keverék nép lakott itt, a magyarok Szent istván idején települtek be.
Az Őrség szélén elhelyezkedő település első okleveles említése 1310-ből származik, nevét templomának védőszentjéről kapta. Árpád-kori eredetű műemléktemploma kis dombon épült, a XIII.századi román templomok stílusában, a település súlypontjában. Védőszentje Szent Jakab apostol. Berendezése XVIII. századi. 1738-ban megváltotta az Esterházy-család, a XVIII. század közepére már a Sigray-család a templom kegyura. Gazdag rokokó oltárát Szent Jakab apostol és a Szentháromság faszobrai díszítik. Szépek a templom késő barokk, faragott ereklyetartói is.
A XX. század két nagy háborúja a község lakosságától is áldozatokat követelt Az I. világháborúban 45-en vettek részt, közülük 15-en haltak hősi halált. A trianoni diktátumot követően a revíziós törekvések 1938-41 között részleges sikerrel jártak, azonban az ország belesodródott a II. világháborúba is. Ez utóbbi a helység lakosai közül 11 főnyi áldozatot követelt. Jellemző a század történelmének mostohaságára, hogy róluk csak közel fél évszázad múlva, a rendszerváltozást követően lehetett hivatalosan is megemlékezni.
A település az 1990-ig létezett tanácsrendszerben székhelyközség volt.
Határában található az üdülőhelyként ismert, fürdésre alkalmas Vadása-tó. Lakosságának közel egyharmada evangélikus.